眼蟲的形態構造
眼蟲的植物體為單細胞，外有堅固的周皮(periplast)，頂端凹處有一胞口(cytostoma)，口下有管狀的胞咽(cytopharynx)，基底則為一呈小胞狀的貯存泡(reservoir)，自細胞口至貯存泡為止的管道，就是食管(gullet)。從貯蓄泡之基底長出1-2條鞭毛，其基部具有小顆粒之毛基體(blepharoplast)。鞭毛是由一或二條中纖維軸(axoneme)，外包於一鞘層之內而構成，其長鞭毛屬於櫛(梳)型。
細胞口至貯蓄泡之間，在一側面有眼點(stigma)和伸縮泡(contractile vacuole)。眼點有感光的功用，由許多顆粒聚集在一個無色的凸凹模型內。靠近眼點的鞭毛上，有一膨脹部分，即鞭毛瘤(flagellar swelling)，對光非常敏感，而眼點則對其有感光保護作用，以避免光線射到鞭毛之膨脹部分。眼點在細胞分裂時，亦是一分為二，由此可知其為已存在而非新生。
伸縮泡接近貯蓄泡，且與之相連。伸縮泡因廢物之排出而常見消失，代之而來的則是液泡(vacuole)，由此知伸縮泡是來自液泡。眼蟲的體內有圓板形、薄板形或星形的色素體，所含的色素有葉綠素a和b，類胡蘿蔔素及葉黃素等，每色素體中藏有一澱粉核(pyrenoid)。
眼蟲的葉綠體為葉綠體內質網所圍繞，其中的葉綠餅(grana)由3層的葉綠層(thylakoid)所疊成。
眼蟲體內有明顯的核，核的中心有明顯的內體(endosome)，在核的附近有連接核與毛基體的纖維狀構造，稱為根索(rhizoplast)，其靠近核的一端有一小顆粒，稱為根索粒(rhizoplastic granule)。除此之外，眼蟲細胞內尚有粒腺體、液泡、高爾基質和黏液體等。
眼蟲的生殖
眼蟲的生活史可有三個時期，即鞭毛時期、胞囊時期及不定群體時期。不過不定群體時期並非所有眼蟲類有之。眼蟲之生殖，以無性之二縱分裂為主，並發生於鞭毛時期。所謂二縱分裂，就是在體分裂之前，先由核及其中的內體，按照普通之核分裂方法，包括經過前期、中期、後期及末期等次序，最後體亦隨之縱向分為兩半而完成兩個子個體。
除上述縱分生殖外，眼蟲又能產生細胞壁薄之胞囊(cyst)來繁殖。胞囊之型式有分裂胞囊、休止胞囊及保護胞囊等。保護胞囊其內為單細胞，具有較厚壁，分裂胞囊內有多細胞或單細胞，囊壁頗薄，休止胞囊的壁頗厚，細胞尚具鞭毛且可在囊內活動。
眼蟲的有性生殖，雖亦有事實的報導，但詳細情形仍未完全明朗。
眼蟲的生理生態
眼蟲依棲息環境的不同，其生理大有差異。一般水裡的眼蟲都利用其葉綠素來營光合作用。眼蟲所含胡蘿蔔素之主要者，則為β-胡蘿蔔素，其他尚有花黃素(antheraxanthin)，青綠素(astaxanthin)，新黃素(neoxanthin)及玉米黃素(zeaxanthin)等。和光合作用有關的色素，在眼蟲類是以葉綠素b為主。眼蟲營光合作用，其同化產物為油脂與眼蟲澱粉。後者在澱粉核之表面形成，然後自核面分離出來。所謂眼蟲澱粉是一種高分子的醣類，不為碘液或氧化鋅染色，可溶於濃硫酸和氫氧化鉀，可水解為葡萄糖。主要的油脂為麥角醇(ergosterol)。
眼蟲種類中當然也有不具光合成色素而完全要靠有機營養而生存者。在不含葉綠素而專營有機營養而生活者，則全賴有機化合物為碳素的來源。
眼蟲高速度的鞭毛運動，即鞭毛自基部開始漸次旋動，使水成波而向頂端推進。除泳動之外，尚有作滑行或匍匐運動者。
眼蟲的分布
眼蟲每多量存在於富含有機物質的淡水，例如湖沼和池塘內，因為其含量特多，每使淡水變色，例如扁眼蟲使水變綠以及糙皮藻使水變成黃褐色等，特別是在水溫較高時更是如此。眼蟲的分布以淡水為主，但在河堤、海灣溼土或含鹽沼澤中亦有之，此外在其他藻類體上、植物碎片、及小甲殼類的體上亦能見到。至於營有機性的種類則多見之於下水道的水內。
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